Fin ist mit einer Zeitmaschine 66 Millionen Jahre in die Vergangenheit gereist, um die Entstehung des ersten Sharknado zu verhindern. Dort angekommen, kurz bevor ein gigantischer Meteor dem Zeitalter der Dinosaurier ein Ende macht, trifft er unerwartet alte Gefährten wieder. Doch Fin und seine Freunde können nicht verhindern, dass der Ur-Hai, ein Megalodon, zum Bestandteil eines neuen Sharknado wird und sie flüchten zurück in die Zukunft. Auf ihrem Weg machen sie unter anderem Station im Mittelalter und kämpfen Seite an Seite mit Merlin und seinen Rittern gegen die fliegenden Haie und besuchen Präsident George Washington während des Unabhängigkeitskrieges. Dieses Mal geht es nicht darum, wie man den Sharknado stoppt, sondern zu welcher Zeit...