Nach der verlorenen Schlacht gegen Godzilla wird Haruo Sakaki von der humanoiden Miana gerettet und erfährt so, dass es im Untergrund noch Menschen auf der Erde gibt, die die Schreckensherrschaft Godzillas überlebt haben. Einer Sage des indigenen Stammes der Hotua folgend, tötete Godzilla einst den Gott der Hotua, jedoch sind von diesem Überreste erhalten geblieben. Ein altes Nanometall, mit dem Mechagodzilla hergestellt werden kann, entfacht zudem die Hoffnung der Menschheit.

Die Saga geht weiter! Auch der zweite Film der Trilogie erzählt in visuell atemberaubenden Bildern vom heldenhaften Kampf von Haruo Sakaki und seinen Mitstreitern gegen das schier übermächtige Monster.