Die Abenteuer der FBI-Agenten Fox Mulder (David Duchovny), genannt "Spooky", und Dana Scully (Gilian Anderson), die einer Spezialabteilung des FBI, den sogenannten X-Akten, zugeteilt sind und sich mit ungelösten und übernatürlichen Fällen beschäftigen. Während Mulder ein persönliches Interesse an der Arbeit hat, da er davon ausgeht, daß seine kleine Schwester vor Jahren von Aliens gekidnappt wurde, wird ihm Scully zu Beginn als prüfendes Organ zugeteilt. Doch die Skeptikerin bildet nach und nach mit Mulder ein hervorragendes Team, das außer seinen übernatürlichen Fällen rund um Menschen, Mutationen und Mutanten, auch stets gegen eine Organisation arbeiten, die offenbar mit Außerirdischen paktiert und sehr mächtig ist.