Leon (Jean Reno) ist ein Auftragskiller der besonderen Sorte: ein analphabetischer, zurückgezogen lebender, wortkarger Einzelgänger. Als eine Gruppe korrupter Polizisten unter der Leitung des drogenabhängigen Stansfield (Gary Oldman) eine ganze Familie in Leons Wohnhaus umbringt, weil diese Drogengeld unterschlagen haben, überlebt nur die zwölfjährige Mathilda (Natalie Portman) zufällig das Massaker. Widerwillig nimmt Leon das Mädchen auf, die schon bald hinter seine Existenz kommt. Durch die Agilität des Mädchens mitgerissen, beginnt Leon sie als "Cleaner" auszubilden. Doch Mathilda hat auch weiterhin Stansfield als Mörder ihrer Eltern im Blickfeld...