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Ein Jahr nach dem Ende des Vierten Weltkriegs explodiert eine Bombe in Newport City und tötet einen hochrangigen Waffenverkäufer, welcher in Kontakt mit der mysteriösen Organisation 501 stand.

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Kazuya Soga soll für seine Gräueltaten im Qhardistani-Krieg zur Rechenschaft gezogen werden, doch er besteht auf seiner Unschuld und beauftragt Batou den versteckten Beweis zu beschaffen.

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Eine Reihe terroristischer Aktivitäten hält die Bewohner von Newport City in Atem und es liegt an Motoko Kusanagi und Batou die Verantwortlichen zur Strecke zu bringen.

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Als Motoko Kusanagi und ihr Team am Tatort ankommen, bietet sich ihnen ein Anblick des Grauens. Ein Mädchen scheint hinter dem entsetzlichen Blutbad zu stecken. Pyrophoric Cult Alle Insassen eines Passagierflugzeugs sterben bei einem Bombenanschlag. Als Batou und Togusa die Wohnung des vermeintlichen Attentäters durchsuchen wollen, ist der amerikanische Geheimdienst schon vor Ort.