Jahrelang hat Jason Bourne (Matt Damon) im Untergrund gelebt. Doch als seine frühere CIA-Kollegin Nicky Parsons (Julia Stiles), die inzwischen freischaffend arbeitet, sich im Auftrag von Christian Dassault (Vinzenz Kiefer) in den Hauptserver der CIA einhackt und Geheimdaten kopiert, wird er wieder in die Welt der Geheimdienste hineingezogen: CIA-Chef Robert Dewey (Tommy Lee Jones) und Heather Lee (Alicia Vikander), die Chefin der Cyber-Ops-Abteilung, fanden nicht nur nach Parsons, sondern auch nach deren bekannten Kontakten, zu denen auch Bourne gehört, während Nicky ihn in Athen aufspürt und ihm offenbart, dass sie im Zuge ihrer Recherche auch neue Erkenntnisse über seine Vergangenheit zutage gefördert hat. Doch schon in Athen werden sie von der CIA aufgespürt, weshalb Bourne gezwungen ist sich erneut den Häschern des Geheimdiensts zu entziehen und deren Pläne aufzudecken...